از اهداف اصلی مرکز تحقیقات فارماکولوژیک گیاهان دارویی گسترش پژوهش های كاربردي در حوزه فارماكولوژي گياهان دارويي و تولید محصولات و فرآورده های گیاهی برای کمک به حل مشکلات بهداشتی و درمانی کشور است. در این راستا پروژه های تحقیقاتی متعددی در مرکز تصویب و انجام شده است.